A religião no Paquistão é o Islão, professado por cerca de 96% da população. Isto torna o Paquistão no segundo país do mundo com mais muçulmanos, a seguir à Indonésia.
A maioria dos muçulmanos paquistaneses é sunita, existindo entre 15% a 20% de chiitas e números residuais de seguidores de outras formas do Islão, como sufis.
A liberdade religiosa está inscrita na Constituição do país mas as minorias estão sujeitas a um certo nível de pressão por parte da maioria muçulmana. Os Hindus e os Cristãos constituem as minorias mais significativas, com pouco menos de 2% da população em cada um desses grupos.
Existem comunidades religiosas de menor expressão demográfica, sendo de referir os Ahmadiyya, que foram considerados não muçulmanos por um tribunal parlamentar paquistanês, os Bahá’í, os Sikhs, os Zoroastrianos, os Kalash, que praticam uma forma ancestral de Hinduísmo, os budistas e os judeus. Terão existido Jainistas no Paquistão, mas não há sinais de uma actual presença no país de elementos desta antiga religião.
Os ateus e agnósticos são quase inexistentes, pelo menos de forma declarada. Algumas fontes indicam que 0,5% da população se encontra neste grupo, mas ateísmo e agnosticismo não são socialmente tolerados no Paquistão e não é fácil assumir uma posição neste enquadramento.
Apesar das raízes do conflito entre o Paquistão e a Índia poderem ser procuradas em níveis mais profundos, elas são essencialmente religiosas e terão sido desenterradas durante o processo da saída do Reino Unido da região.